近年来,靶向测序作为一种以有限测序量实现对目标基因深度研究的方案而被普遍采用。但是,开发定制 NGS panel 的过程并不像量体裁衣那么简单,时至今日,仍然是一项需要投入大量时间精力甚至更多费用的过程。
安捷伦作为 NGS 技术的,在捕获探针设计方面已经具备 10 多年的实战经验。安捷伦 SureDesign 在线设计平台可为用户提供便捷的定制化过程、验证服务以及专业的技术人员的一对一服务。
NGS Panel 之设计篇
SureDesign,是一款基于网页的应用程序,安捷伦客户无需额外付费即可使用。在 SureDesign 中,用户可以选择预定义内容或构建自己的内容,浏览并购买安捷伦的目录 Panel 和自定义设计,也可以与工作组内部人员或其他研究人员进行合作。安捷伦多年的制造专业知识,可确保用户的每个探针性能相同,增强的探针设计算法,可进行更灵敏,更具体的寡核苷酸设计。
NGS Panel 之合成篇
对于设计好的序列,安捷伦使用Agilent SurePrint 长链寡核苷酸合成平台生产。在传统的合成中,长链寡核苷酸的产量在 250 个核苷酸左右会出现严重下降。相比之下,使用 SurePrint 平台生产的寡核苷酸即使长度接近 300 个核苷酸,也同样具有高保真度,可帮助用户获得具有业内高质量的靶向捕获探针文库。SurePrint 技术专为寡核苷酸探针文库的打印而开发,可实现先进而一致的核酸合成。每个设计都能定制,这意味着用户可以从头到尾设计自己的 Panel。
NGS Panel 之验证篇
已经合成好的探针需要反复的验证和调整才可用于大规模的样本检测。这个过程需要极富经验的技术人员和大量的资金与时间投入,安捷伦 NGS 验证服务可以帮助客户攻克这一难关。安捷伦的设计专家将会根据客户的特殊需求帮助客户一起设计出定制化的 Panel,之后专家们会使用 HapMap 参考样本在实验室对设计出的 Panel 进行验证和调整,直到满足客户的需求。用户终收到的是经过验证的 Panel,可以即刻开启实验项目。同时,安捷伦会做好保密工作,无需担心设计外漏。把前期棘手的预实验部分交给安捷伦经验丰富的验证团队,可在 6 周以内就可以完成这一过程,帮助用户更快速更便捷地进行项目启动。
安捷伦推出的设计验证服务大大缩短了用户在“设计 - 合成 - 运输 - 测试 - 修改设计 - 重新下订单 - 重新合成 - 运输 - 测试”的时间。安捷伦的专业团队不仅帮助用户完成设计,同时对其用参考样本进行了实验室验证,确保 Panel 的性能满足用户要求,并且在验证完成后提供了 16 个反应的探针试剂供用户直接使用。