低深度全基因组测序已经被引入用于植入前遗传诊断(PGD)中的染色体拷贝数变异(CNA)检测。CNA检测前的单细胞全基因组扩增以PicoPLEX WGA试剂为佳。
植入前基因筛查和诊断(PGS,PGD)是第三代试管婴儿技术,指体外受精(IVF)过程中所做的胚胎或卵母细胞测试,以便选择没有染色体变异或带有家族遗传疾病等位基因的胚胎,提高怀孕成功率,降低特定遗传病的传递风险。微阵列比较基因组杂交(arrayCGH)是IVF机构zui常用的PGS技术。
参考文献
Springer电子书《分子生物学方法》:
Deleye L., De Coninck D., Deforce D., Van Nieuwerburgh F. (2018) Genome-Wide Copy Number Alteration Detection in Preimplantation Genetic Diagnosis. In: Head S., Ordoukhanian P., Salomon D. (eds) Next Generation Sequencing. Methods in Molecular Biology, vol 1712. Humana Press, New York, NY
低深度全基因组测序相比arrayCGH有更高的分辨率和信噪比
胚胎植入前遗传诊断(PGD)染色体变异检测的传统方法是微阵列比较基因组杂交(arrayCGH),它的缺点是分辨率不高而且价格较高。
低深度的全基因组测序可以解决这些问题。
文献报道低深度全基因组测序是PGD染色体结构和数量异常检测的较好替换方法,15例病人47个囊胚3Mb以上的大规模平行测序(MPS)数据显示比基于arrayCGH的PGD更高的分辨率和信噪比。虽然基于MPS的胚胎筛查还没有长期的临床数据支持,但是已经有一些健康宝宝的案例。
低深度全基因组测序需要进行单细胞全基因组扩增。
Picoplex/SurePlex是胚胎植入前遗传诊断CNA检测的全基因组扩增技术
试管婴儿胚胎植入前的检查使用胚胎第5天的4-7个滋养层活检细胞。
这些细胞分析前需要对细胞内的基因组DNA进行全基因组扩增(WGA)。
因为样本的稀有(只有4-7个细胞),一般的WGA技术扩增后结果会有偏差。
需要根据应用的不同(不同的遗传多态类型)选择不同的WGA方法:
染色体拷贝数异常(CNA)检测使用Picoplex/SurePlex方法(Rubicon Genomics公司)较好,这一方法的CNA检测一致性较高,分辨率有3 MB。
注:SurePlex和PicoPLEX的技术是一样的,都是Rubicon Genomics公司的同一技术。
Picoplex/SurePlex法PGD流程
使用PicoPlex/SurePlex WGA试剂盒扩增细胞。
扩增DNA超声波剪切到200bp。
Illumina测序文库制备。
Illumina NextSeq500测序仪测序。
结果
4-6个囊胚细胞得到CNV数据,zui高达3Mb。
产品
单细胞全基因组扩增试剂
PicoPLEX® WGA Kit单细胞全基因组扩增试剂盒
PicoPLEX WGA Kit被IVF行业供应商如BlueGnome信赖并用于胚胎植入前遗传学筛查和诊断(PGS/PGD)。
英文名称:Rubicon PicoPLEX WGA Kit
中文名称:单细胞全基因组扩增试剂盒
品牌:Rubicon Genomics
货号:R30050或RB3050(TAKARA版)
用途:卵裂球和滋养外胚层细胞的植入前基因筛查(PGS)和需要单细胞扩增的循环肿瘤细胞(CTC)中的CNV检测。
从单细胞中扩增DNA构建高重复性的文库现在成为可能!PicoPLEX WGA kit采用技术,设计、优化用于从单细胞中扩增单拷贝基因组DNA。便捷的单管操作流程减少了手动操作的失误,缩短了获得结果的时间并降低背景。PicoPLEX WGA Kit同样也可用于6 pg至50 pg的纯化gDNA,并兼容微阵列比较基因组杂交(array CGH)分析及PCR。
DNA超声波打断管
Covaris DNA打断管 货号:520045
Illumina测序文库制备试剂
NEBNext Ultra II kit
Illumina NextSeq500上机测序试剂
华雅旗下红荣微再主营医疗核酸保存文库扩增等产品,授权代理(上海)Rubicon Genomics单细胞文库扩增试剂。