参考文献：

低深度测序在检测单细胞染色体微小变异中的应用探索

陈大洋1 甄贺富2 刘萍2 邱咏2 谢林2 刘弘泰1 陈芳2

（1. 中国科学院大学华大教育中心，深圳 518083 ；2. 深圳华大基因研究院，深圳 518083）生物技术通报 BIOTECHNOLOGY BULLETIN 2016, 32(12):58-64

生物技术通报影响力：双核心期刊[（2017年中国科技核心期刊目录）][中国科学引文数据库来源期刊列表（2017—2018 年度）]

文章介绍

测序目的：低深度测序在检测单细胞 CNV方面的可行性。

单细胞测序对象：经过比较基因组杂交（array CGH，aCGH）检测的5例阳性细胞系

单细胞全基因组扩增方法：Rubicon Genomics 公司的 PicoPLEX® WGA Kit和另一种商业试剂盒。

单细胞测序深度：数据量为 0.1 X

测序结果：Rubicon 试剂盒具有较好的均匀性。

分析原因：Rubicon 试剂盒先以原始基因组为模板进行复制，经过 12 次循环后，再以扩增产物为模板进行扩增可有效降低扩增误差，增加保真性。

原文摘要：旨在探讨低深度测序在检测单细胞染色体微小变异中的应用。以经过比较基因组杂交（array CGH，aCGH）检测的5例阳性细胞系为研究对象，从中分离的单细胞分别用两种单细胞扩增试剂盒进行扩增，采用Hiseq2000测序平台进行全基因组测序，然后进行生物信息学分析，将检测结果与已被 aCGH 证实的结果进行比较。结果显示，5 个单细胞的全基因组扩增成功，通过低深度测序均获得明确的检测结果。在用 GenomePlex® Single Cell WGA Kit 试剂盒的处理中检出区域与 aCGH 检测区域均有 80% 以上的重叠，1 个样本检出了 8 Mb（Megabase）左右的假阳性 ；在用 PicoPLEX® WGA Kit 试剂盒处理时检出信号与 aCGH 区域也有 80%以上的重叠且无假阳性信号产生。证实在数据量为 0.1 X 左右时可以检出单细胞染色体上 7 Mb 以上的拷贝数变异。

PicoPLEX® WGA Kit单细胞全基因组扩增试剂盒介绍

PicoPLEX WGA Kit被IVF行业供应商如BlueGnome信赖并用于胚胎植入前遗传学筛查和诊断(PGS/PGD)。

英文名称：Rubicon PicoPLEX WGA Kit

中文名称：Rubicon PicoPLEX单细胞全基因组扩增试剂盒

品牌：Rubicon Genomics

货号：R30050或RB3050（TAKARA版）

用途：卵裂球和滋养外胚层细胞的植入前基因筛查（PGS）和需要单细胞扩增的循环肿瘤细胞（CTC）中的CNV检测。

从单细胞中扩增DNA构建高重复性的文库现在成为可能！PicoPLEX WGA kit采用技术，设计、优化用于从单细胞中扩增单拷贝基因组DNA。便捷的单管操作流程减少了手动操作的失误，缩短了获得结果的时间并降低背景。PicoPLEX WGA Kit同样也可用于6 pg至50 pg的纯化gDNA，并兼容微阵列比较基因组杂交（array CGH）分析及PCR。

PicoPLEX技术概要

PicoPLEX全基因组扩增技术具有高稳定性和可再现性，已经成为PGS的标准扩增技术。

技术要点：利用随机引物引发线性扩增进行全基因组扩增。即先以原始基因组为模板进行复制，经过多次循环后，再以扩增产物为模板进行扩增可有效降低扩增误差，增加保真性。

名词解释：

拷贝数变异（copy number variations，CNVs）：CNV 是 指 与 参 照 基 因 组 比 较，1

kb-1 Mb 的 DNA 片段的缺失、插入、重复、倒位和复杂多位点的变异。

华雅旗下红荣微再主营医疗核酸保存文库扩增等产品，授权代理(上海）Rubicon Genomics单细胞文库扩增试剂。