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单细胞全基因组扩增WGA技术PicoPLEX与MALBAC比较
更新时间:2018-03-30   点击次数:6310次

关键词:单细胞全基因组扩增技术WGA,PicoPLEX 特殊随机引物起始的热循环扩增,MALBAC Multiple Annealing and Looping Based Amplification Cycles (多次退火环状循环扩增技术)

 

PicoPLEX与MALBAC的区别

 

申请情况

Rubicon : US8206913 Filed Date : Mar 3, 2010

MALBAC : WO2012/166425 International filing date : 22 May, 2012

 

主要区别

(1)MALBAC的细胞裂解时间更长。

MALBAC:30 min

 

PicoPLEX:15 min

 

 

(2)引物设计不同,PicoPLEX的结果更准确、重复性更高,更适合用于染色体异倍性分析和拷贝数变异分析。

 

MALBAC和PicoPLEX技术介绍

 

MALBAC 多次退火环状循环扩增技术

PicoPLEX 特殊随机引物起始的热循环扩增+PCR

 

MALBAC:Multiple Annealing and Looping Based Amplification Cycles (多次退火环状循环扩增技术)是一种拟线性全基因组扩增方法。与传统的非线性或指数型DNA扩增方法不同(在每个循环中,复制的DNA可以作为后续循环的模板),MALBAC利用特殊的引物使扩增子具有互补末端并因此循环,防止DNA被指数复制。这导致仅扩增原始基因组DNA,并因此降低扩增偏倚。

 

PicoPLEX单细胞全基因组扩增WGA技术是一种特殊随机引物起始的热循环扩增+PCR的全基因组扩增方法。PicoPLEX相比于以往的PCR、MDA、MALBC为基础的单细胞全基因组扩增技术,操作简单快速。PicoPLEX全基因组扩增技术具有高稳定性和可再现性,已经成为PGS的标准扩增技术。这一技术也适用任何单细胞样品和皮克级纯化DNA的基因特征分析。

 

PicoPLEX 技术流程:

包括文库构建和文库扩增两个步骤。文库构建(预扩增)阶段,设计的特殊引物能消除引物之间的杂交,从而提高引物和模板的配对效率。利用特殊随机引物(Quasi-random primer)引发线性扩增进行全基因组扩增。特别设计的随机引物(参见US patent 8,206,913)能减少引物二聚体的形成,从而提高引物和模板的配对效率。

分两次扩增。*次扩增,特殊随机引物与基因组DNA结合,形成茎环形结构文库,第二次扩增,只有茎环形结构的文库被扩增。

 

PicoPLEX产品引用文献

 

PicoPLEX™ WGA Kit

PicoPLEX WGA kit采用PicoPLEX技术,设计、优化用于从单细胞中扩增单拷贝基因组DNA。

1. Implantation potential of mosaic embryos

2. Lledo et al. 2017 Systems Biology in Reproductive Medicine

3.Vasculogenic mimicry in small cell lung cancer

4.Williamson et al. 2016 Nature Communications

5.Mouse model of chromosome mosaicism reveals lineage-specific depletion of aneuploid cells and normal developmental potential

6. Bolton et al. 2015 Nature Communications

7.Validation of copy number variation sequencing for detecting chromosome imbalances in human preimplantation embryos

8.Wang et al. Biol Reprod. 2014 Jun 25. pii: biolreprod.114.120576. DOI:10.1095/biolreprod.114.120576.

 

PicoPLEX™ DNA-seq Kit

1.New protocol based on massive parallel sequencing for aneuploidy screening of preimplantation human embryos

2.Vendrell et al. 2017 Systems Biology in Reproductive Medicine, DOI: 10.1080/19396368.2017.1312633

3.Construction of thousands of single cell genome sequencing libraries using combinatorial indexing

4.Vitak et al. bioRxiv Jul. 23, 2016; doi: http://dx.doi.org/10.1101/065482.

5.A linkage map for the Newt Notophthalmus viridescens: Insights in vertebrate genome and chromosome evolution

6. Keinath et al. 2014 Developmental Biology

 

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