Rubicon公司拥有ThruPLEX®和PicoPLEX®技术。特殊的引物或接头设计，能以微量DNA样本起始构建下一代测序文库。
ThruPLEX用于cfDNA-液体活检样品
液体活检样品包括
循环核酸
– Cell-free DNA (cfDNA)
循环肿瘤DNA（ctDNA）占一小部分
– Cell-free mRNA
– Cell-free miRNAs, long non-coding RNA
循环肿瘤细胞（CTCs）
– 从实体瘤释放到血液中的肿瘤细胞
外泌体
– 小的膜衍生囊泡（40–100 nm）包含：
exoDNA；microRNAs, mRNAs；蛋白，脂类。
其中游离核酸通常从血浆和血清中分离（也存在于尿液和脑脊液中），受个性化医疗和液体活检前景的推动（无创，早期检测，监控）。 对cfDNA测序的关注高于cfRNA。
Cell-free DNA的特点
降解
包含单体，二聚体，三聚体的核小体DNA fragment
成分和产量高度可变 （病人和疾病相关）
小分子，分子大小~170 bp
如何进行cell-free DNA测序？
基于扩增技术的靶向测序
– 用于基因组重点区域检测的小型panel
– 如 Thermo AmpliSeq, Illumina TruSight, ArcherDX VariantPlex, etc
全基因组测序
– 标准覆盖度30X至60X
用于SNP, InDel, CNV, SV
价格高，很少研究者用于cfDNA分析
– 低覆盖度（测序深度浅）0.1到2X
用于CNV
样本起始量低
基于杂交技术的靶向测序
– 外显子组50X 至100X， panels 150X 至300X
分析SNP, InDel, CNV, SV
全基因组测序和基于杂交技术的靶向测序适用产品
起始量 50 pg-50 ng
起始量1 ng-30 ng 优化用于cell-free DNA
超深度靶向测序
– Panels 1,000X 至10,000X；体细胞突变频率<5% allele frequency
带有分子标签 起始量1 ng-50 ng
ThruPLEX已被很成熟的用于cell-free DNA研究
文献一
Kitzman et al. 2012. Noninvasive Whole-Genome Sequencing of a Human Fetus. Science Translational Medicine.
作者：华盛顿大学Jay Shendure Lab Jacob Kitzman现任密歇根大学助理教授
• 概念验证研究，展示了通过无创方法确定胎儿基因组序列。
• ThruPLEX用于从母体血浆样品中分离的游离DNA构建NGS文库。
文献二
Murtaza et al. 2013. Non-invasive analysis of acquired resistance to cancer therapy by sequencing
of plasma DNA. Nature.
作者：英国癌症研究中心（Cancer Research UK）Nitzan Roselfeld Lab Muhammed Murtaza现任Tgen（Translational Genomics Research Institute）和梅奥诊所（Mayo Clinic）助理教授
• 通过对病人的游离DNA测序实现无创突变检测
• 采用ThruPLEX利用cfDNA构建NGS文库，对病人循环肿瘤DNA进行全外显子组分析
• 展示了在治疗前后检测肿瘤演变的能力
Rubicon公司成立于2000年，总部位于美国密歇根州。产品都拥有技术，检控严格，拥有cGMP级生产能力，是单细胞测序文库构建的。2017年1月，Rubicon 成为Takara的一员，并且发展良好。
华雅旗下红荣微再（上海）生物工程技术有限公司2018年，与TAKARA继续合作，授权代理（上海）Rubicon和Cellartis 试剂。红荣微再以“传递科学价值，服务科学研究”为宗旨，主营干细胞、医疗、细胞治疗、器官再生四大板块的产品。
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