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技术支持

液体活检:血浆基因(DNA)保存、纯化、文库构建和测序
更新时间:2018-01-26   点击次数:4040次

 

液体活检是指非固体生物组织的取样和检测,来源一般是血液和尿液,对象包括血浆游离DNA/RNA、血液循环肿瘤细胞和外泌体。与传统的固体活检相比,液体活检技术可以无创取样,并且能跟踪检测基因和生物标志物。目前这种无创技术应用于癌症治疗和产前筛查等。

 

液体活检:无创产前检测(NIPT)

 

NIPT发展

NIPT应用

NIPT检测内容

NIPT技术

 

 

 

 

NIPT发展

NIPT发展迅速,而且它还不是标准医疗项目,只是一个选择项目。

NIPT发展快速得异常,消费者在推进。可能原因:同步社交媒体发展,讨论较多。

NIPT应用

NIPT在实际运用中要解决的问题:

市场压力

专业指南的快速变化。高风险孕妇和一般孕妇做咨询用的时间都不一样。那么获得的信息也不同。孕妇查出有问题不一定要终止妊娠,还可以多做应对准备。而且做继续怀孕决定的比例达到了40%。

NIPS在产前检测中的准确定位。一开始定位是高危产妇,之后不是高危产妇也对NIPT有兴趣。中等风险妊娠群体的NIPT检测,还会再上升。

NIPT的检测

NIPT的检测还不是准确。

低风险用户越多,PPV值越低。

生物学原因导致的母体的miccroduplications也会影响检测结果。

NIPT和标准产前检测项目的比较

标准产前检测项目:血清生化检测和nuchal translucency超声波检查。

NIPT在在某些检测方面的错误率格外低,比如cfDNA阳性预测方面比标准项目做得好。

NIPT的可选项目:性染色体

常规染色体非整倍体异常项目:21- 三 体 综 合 征(trisomy 21,T21)、18-三体综合征(trisomy 18,T18)和 13-三体综合征(trisomy 13,T13)。

检测可选项目:性染色体等。NIPT能比超声波更早知道是否有性别染色体异常。

NIPT技术

美国NIPS的四个公司:4种技术。检测错误率差别较大。

Illumina:WGS 全基因组测序

Sequenom:WGS 全基因组测序

Ariosa Diagnostics:targeted approach on a microarray 微阵列靶向方法

Natera:targeted sequencing for SNP 靶向测序检测单基因

 

液体活检:肿瘤CTC和ctDNA

原发肿瘤(乳房、结肠、肺、前列腺癌)在形成生长早期,会释放细胞进入血液循环。通过各种技术可以富集检测这些循环肿瘤细胞的物理和生物性质。

循环肿瘤细胞,Circulating Tumor cell,简称CTC。CTC释放点:原发肿瘤和转移肿瘤。

CTC死亡后还会释放出循环肿瘤DNA,Circulating Tumor DNA,简称ctDNA

CTCs和ctDNA的分析是液体活检诊断的基石。

CTC和ctDNA的临床应用

肿瘤检测 CTCs和ctDNA应用肿瘤的早期检测很受关注,面临的挑战是目前分析的特定性和敏感度。

预后评估 多种肿瘤已经实现预后评估,尤其是乳癌。

指导系统治疗

病人亚群分类(stratification)。

CTC研究进展

CTC研究是很活跃的领域,截止2015年12月发表在PubMed的文献有17000篇。随着循环游离肿瘤DNA分析的发展,zui近才开始使用“液体活检”这个条目。分子水平的灵敏分析方便研究者从血浆中筛选特定肿瘤突变的ctDNA,因此ctDNA和CTC成为富有竞争力的生物标志物。

 

 

 

 

液体活检血浆DNA保存、纯化、文库构建和测序产品(高通量测序法)

血液标本采集、运输、保存

血浆游离DNA提取纯化

血浆游离DNA基因文库构建

文库产物纯化

基因测序

 

外周血游离DNA标本采集、运输、保存

外周血血浆游离DNA采集:EDTA 抗凝管或者 Streck Cell-Free DNA BCT 管

 

 

Streck Cell-Free DNA BCT® 血浆游离DNA采血管

产品英文名称:Streck Cell-Free DNA BCT® BLOOD COLLECTION TUBE

产品中文名称:Streck BCT® 血浆游离DNA采血管

Streck 血浆游离DNA采血管是一种直接提取的全血收集管,用于收集、运输和储存血液样本。Streck 血浆游离DNA采血管内含防腐剂,它能稳定有核血细胞,防止细胞基因组DNA的释放,保护血浆游离循环DNA和循环肿瘤细胞(CTC)。

230253是218962的升级版,是Streck公司新推将玻璃和塑料的*性能融合在一起的Fusion2TM混合塑料管

         

品牌

货号

产品描述

包装

Streck

218962

Cell-Free DNA BCT® BLOOD COLLECTION TUBE

Cell-Free DNA BCT®血浆游离DNA采血管

100管/盒

Streck

230253

Cell-Free DNA BCT® BLOOD COLLECTION TUBE

Cell-Free DNA BCT®血浆游离DNA采血管(混合塑料)

100管/盒

 

EDTA抗凝管参见BD真空采血管分类 血清 血浆 单个核细胞 RNA 肝素 EDTA

 

血浆游离DNA提取纯化

磁珠法或离心柱法

离心柱法产品:

QIAamp Circulating Nucleic Acid Kit 循环核酸纯化试剂盒

货号: 55114 品牌:Qiagen

QIAamp Circulating Nucleic Acid Kit (50)

For 50 preps: QIAamp Mini Columns, Tube Extenders (20 ml), QIAGEN Proteinase K, Carrier RNA, Buffers, VacConnectors, and Collection Tubes (1.5 ml and 2 ml)

样品处理量:5mL

洗脱体积:20-150μL

可以洗去PCR抑制物,如:二价阳离子和蛋白

 

血浆游离DNA文库构建

ThruPLEX® Plasma-seq Kit血浆游离DNA文库构建试剂

ThruPLEX® Plasma-seq基于ThruPLEX技术,并用于血浆来源cfDNA高品质NGS文库构建。该试剂专门针对cfDNA进行优化,在保持样本GC代表性的基础上,提升了文库的信息容量。文库构建后可用于CNV分析、全基因组测序分析或是采用一些panel针对目标区域进行捕获富集后的DNA分析,如Agilent SureSelect® and Roche NimbleGen SeqCap® EZ。

血浆样品采用ThruPLEX Plasma-seq试剂盒制备文库,能有更好的灵敏度、更准确的基因变异分析结果。与其它液态活检的样品一样,血浆由于其易获得、价值高的特点,深受研究肿瘤学或者孕妇血浆中胎儿游离DNA科研工作者的重视。

 

品牌

Code No.

包装量

Rubicon

R400490

12 Rxns

Rubicon

R400491

48 Rxns

Rubicon

R400492

96 Rxns

 

 

文库产物纯化

Agencourt AMPure XP 核酸纯化试剂盒

Agencourt AMPure XP核酸纯化试剂盒是一种能够获得高质量DNA产物的纯化试剂盒,纯化后的核酸纯度高,无盐离子残留,无需离心或过滤,目前广泛应用于NGS文库构建。该试剂的应用为产物纯化,如:NGS文库构建过程中酶联体系的纯化、PCR产物纯化等。既可以手工操作,也可以使用自动化工作平台以96孔或384孔板的形式完成。

 

品牌

货号

产品名称

包装

BeckMan

A63882

Agencourt AMPure XP核酸纯化试剂盒

450 mL

 

 

基因测序

illumina 基因测序试剂盒

参考文献

1.吴一龙,等. 液体活检:规范与同行.循证医学2016年04期P193-197.

2.Clinical Applications of Circulating Tumor Cells and Circulating Tumor DNA as Liquid Biopsy,

Catherine Alix-Panabières,Cancer Discov;6(5); 479–91. ©2016 AACR Published OnlineFirst March 11, 2016; DOI: 10.1158/2159-8290.CD-15-1483.

 

Streck 218962(现货),230253 Cell-Free DNA BCT采血管及更多液体活检产品欢迎您咨询华雅再生医学旗舰公司:红荣微再(上海)生物工程技术有限公司  :1500 1904 520。红荣微再-客服: 2395557778  经销商专员红荣微再以“传递科学价值,服务科学研究”为宗旨主营干细胞、医疗、细胞治疗、器官再生四大板块的产品

 

 

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