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技术支持

TruSeq小RNA文库制备试剂,CRISPR-Cas gRNA
更新时间:2018-01-09   点击次数:3418次

产品英文名:TruSeq Small RNA Library Prep Kit

产品中文名:TruSeq小RNA文库制备试剂盒

 

TruSeq小RNA文库制备试剂盒提供用于从总RNA直接生成小RNA文库的试剂。试剂盒中附带的改良接头能够靶向通过Dicer处理产生的MicroRNA (miRNA)。

 

这些试剂盒通过引入48个*的标签实现多重测序,借此检出miRNA和小RNA,并对通量进行图谱分析,与Illumina测序无可企及的输出相得益彰。标签添加在通用扩增反应中,从而极大降低了连接偏向性,并确保了miRNA表达的测量准确度。

 

通过工作流程的改善,样本制备流程得以精简,从而可对任何物种中的所有小RNA转录本展开经济实惠的研究。兼容的应用包括探寻新miRNA、在单碱基分辨率下对同分异构体等变异进行特征分析,以及在不进行预先假设的情况下分析差异表达。

 

 

品牌

货号

产品描述

Illumina

RS-200-0012

TruSeq Small RNA Library Prep Kit -Set A (24 rxns) (Set A: indexes 1-12)

TruSeq小RNA文库制备试剂盒 - 套件A(24次反应)(套件A:1–12个标签)

Illumina

RS-200-0024

TruSeq Small RNA Library Prep Kit -Set B (24 rxns) (Set B: indexes 13-24)

TruSeq小RNA文库制备试剂盒 - 套件B(24次反应)(套件B:13–24个标签)

Illumina

RS-200-0036

TruSeq Small RNA Library Prep Kit -Set C (24 rxns) (Set C: indexes 25-36)

TruSeq小RNA文库制备试剂盒 - 套件C(24次反应)(套件C:25–36个标签)

Illumina

RS-200-0048

TruSeq Small RNA Library Prep Kit -Set D (24 rxns) (Set D: indices 37-48)

TruSeq小RNA文库制备试剂盒 - 套件D(24次反应)(套件D:37–48个标签)

Illumina

20005613

TruSeq Small RNA Set A MiniSeq Kit (1 library prep and 2 MiniSeq reagents)

TruSeq小RNA套件B MiniSeq试剂盒(1组文库制备和2个MiniSeq试剂)

Illumina

20005614

TruSeq Small RNA Set B MiniSeq Kit (1 library prep and 2 MiniSeq reagents)

TruSeq小RNA套件B MiniSeq试剂盒(1组文库制备和2个MiniSeq试剂)

Illumina

20005615

TruSeq Small RNA Set C MiniSeq Kit (1 library prep and 2 MiniSeq reagents)

TruSeq小RNA套件C MiniSeq试剂盒(1组文库制备和2个MiniSeq试剂)

Illumina

20005616

TruSeq Small RNA Set D MiniSeq Kit (1 library prep and 2 MiniSeq reagents)

TruSeq小RNA套件D MiniSeq试剂盒(1组文库制备和2个MiniSeq试剂)

 

TruSeq小RNA样本数据集

已使用TruSeq小RNA文库制备试剂盒制备人类大脑参考RNA (HBRR)和人类通用参考RNA (UHRR)样本。这些文库已使用片段长度配置为1 x 36碱基对的MiniSeq高输出试剂盒在MiniSeq系统上进行测序。总产量为0.91Gb,其中97%的碱基达到或超过Q30。

 

Specifications

Assay Time 分析时间

1 day 1天

Hands-On Time 手动操作

4 hours 4小时

Mechanism of Action 原理

Captures small RNA with 3′ OH and 5′P modifications (like those processed by Dicer/Drosha)捕获小RNA

Multiplexing

48 unique indexes are available

Species种属

Any Species, Human, Mouse 任何物种,人,鼠

Specialized Sample Types

特殊样本类型

FFPE, Low Input

System Compatibility

兼容系统

MiniSeq, MiSeq, NextSeq 500, NextSeq 550

Technology 技术

Sequencing 测序

Automation Capability 自动能力

Liquid Handling Robots 液体处理机器人

Variant Class 突变级别

Novel Transcripts, Transcript Variants

新转录字,转录子突变

Method 方法

miRNA and Small RNA Sequencing 

miRNA和RNA测序

 

特别应用推荐:

CRISPR-Cas gRNA 验证

 

Cas9技术需要:II型 CRISPR–Cas 细菌免疫系统,包括 trans-activating CRISPR RNA (tracrRNA), CRISPR RNA (crRNA), Cas9 protein, and protospacer-adjacent motif (PAM)。

 

trans-activating CRISPR RNA (tracrRNA), CRISPR RNA (crRNA)作用:形成RNA双链,引导Cas9核酸内切酶和核酸序列配对。

Cas9和目标PAM序列连接。

 

关键点:guide RNA 和目标DNA的互补。

 

大多数商业Cas9基因编辑工具来源:Streptococcus pyogenes(链球菌)的II型 CRISPR–Cas 系统。不过自然界还存在很多具有基因编辑潜力的II型 CRISPR–Cas 系统。开发这种系统需要预测验证天然或基因工程来源的,驱动Cas9的单双链RNA。

因为导引RNA的长度较小(17-200碱基),适合使用TruSeq小RNA文库制备试剂盒Reads 150nt进行序列验证。

 

参考文献:

Prediction and Validation of Native and EngineeredCas9 Guide Sequences,Alexandra E. Briner,et al.

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